A Berzsenyi Dániel Főiskolán 2002-ben volt az utolsó jelentősebb szervezeti átalakítás. Akkor egy kormányrendelet alapján három karon kezdődött meg az oktatás.

A 2006/2007-es tanévben az új felsőoktatási törvény, illetve az intézményi szabályzatok elfogadása után három karon tizenöt intézet jött létre, amelyekben negyven tanszék, kutatóközpont és más szervezeti egység kapott helyet. Így szeptembertől a Bölcsészettudományi Karon a Filológiai és Interkulturális Kommunikáció, az Interkulturális Tanulmányok, a Nyelv- és Irodalomtudományi, a Szláv Filológiai, a Társadalomtudományok, Nemzetközi és Európa-tanulmányok és a Történettudományi Intézet, a Természettudományi Karon a Biológia, a Földrajz és Környezettudományi, a Matematika és Információtudományi, valamint a Műszaki Informatika és Gazdaságtudományi Intézet, a Testnevelési és Művészeti Karon pedig az Emberi Erőforrásfejlesztési, a Művészeti, a Pedagógia és Pszichológiai, a Sporttudományi, illetve a Tanítóképző Intézet keretein belül folyik a képzés harmincnyolc szakon. Ebből új az ipari termék- és formatervező, a műszaki menedzser, a gazdálkodási menedzserasszisztens, az informatikai statisztikus és gazdasági tervező, a műszaki informatikai mérnökasszisztens és a terméktervező műszaki menedzserasszisztens szak.

Egyes tanszékek elköltöztek. A Bölcsészettudományi Karon a Francia Tanszék az Olasz Tanszék szomszédságába. A Testnevelési és Művészeti Karon a Pedagógia Tanszéket és a Pedagógia és Pszichológiai Intézetet a Matematika Tanszék korábbi helyén, a dékáni hivatalt az A-épület első emeletén találjuk ezentúl. A Természettudományi Kar esetében csak a tanszékek irodái kaptak új helyet, az oktatás továbbra is a korábban megszokott tantermekben zajlik. A Technika (új elnevezése: Műszaki) az Informatika, a Matematika a Fizika, a Könyvtár- és Információtudományi a Műszaki Tanszék helyére került.

Az új szervezeti struktúrának megfelelően intézetigazgatói megbízást kapott: dr. Molnár Katalin, a Bölcsészettudományi Kar dékánja, prof. dr. Pusztay János, dr. Czetter Ibolya tanulmányi rektorhelyettes, prof. dr. Izsák Lajos, az ELTE rektorhelyettese, prof. dr. Gyurácz József, prof. dr. Veress Márton, a Természettudományi Kar dékánja, dr. Péntek Kálmán, prof. dr. Mátrai Zsuzsanna, prof. dr. Polgár Csaba, dr. Gáspár Mihály, a Testnevelési és Művészeti Kar dékánja, dr. Polgár Tibor. Tanszékvezetői megbízást dr. Koczinszky Éva, dr. Antonio Sciacovelli, nemzetközi rektorhelyettes, prof. dr. Kovács László, dr. Mankó Mária vehetett át. A Regionális Felsőoktatási Forrásközpont igazgatója dr. Iker János, a Minőségfejlesztési és Informatikai Központ vezetője Bodorkós László lett. A felnőttképzési központot Bagáriné Viszket Katalin irányítja. Dienesné dr. Fekete Csilla személyében új főtitkár kezdi meg munkáját a főiskolán. Bierer Gábor gazdasági igazgató további öt évre kapott megbízást. A Magyar Köztársaság elnöke egyetemi tanárrá nevezte ki dr. Veress Mártont. A jövőben tanszékvezető egyetemi tanárként dolgozik a Berzsenyi Dániel Főiskolán prof. dr. Tverdota György, az ELTE egyetemi tanára. A Magyar Köztársaság miniszterelnöke főiskolai tanárrá nevezte ki dr. Czetter Ibolyát, dr. Skribanek Annát és dr. Rádi Szelmant. A tudományos rektorhelyettesi teendőket szeptember 1-től megbízással prof. dr. Oroszlán György, a Debreceni Tudományegyetem Orvostudományi Karának egyetemi magántanára, a Markusovszky Kórház osztályvezető főorvosa látja el. További újdonság, hogy a város és a régió kulturális életének élénkítése érdekében intézményünk megalapította a Berzsenyi Színházat.